---
title: "joonised"
output: html_document
---

Histogramm
```{r}
  ounad=read.table("http://www.tlu.ee/~jaagup/andmed/muu/ounad/antoonovka2.txt",
                   sep=",", header=TRUE)
  head(ounad)
  hist(ounad$august, yaxp=c(0, 25, 5), ylim=c(0, 25), las=1, xlab="diameeter", ylab="kogus",
       main="Õunte läbimõõtude jaotus")
  abline(v=mean(ounad$august), col="red")
  text(mean(ounad$august)-0.25, 10, "keskmine", srt=90)
  points(3, 15, col="green")
  points(5:7, c(15, 15, 15), col="green")
  segments(2, 0, 5, 20)
#  lines(density(ounad$august))
```

Tihedusgraafik

```{r}
 plot(density(ounad$august), xlim=c(0, 10))
 lines(density(ounad$september), col="blue")
```
XY
```{r}
  plot(ounad$august, ounad$september)
  #Lisage joonisele seletused 
  plot(ounad$august, ounad$september, xlab="Diameeter augustis, cm", ylab="Diameeter septembris, cm",
      main="Õunte läbimõõdud")
  
  paljukasvanud=ounad[ ounad$september/ounad$august>1.4, ]
  points(paljukasvanud$august, paljukasvanud$september, col="red")
  #Värvige siniseks õunad, mis on kasvanud vähem kui 1.5 cm
  vahekasvanud=ounad[ounad$september-ounad$august<1.5,]
  points(vahekasvanud$august, vahekasvanud$september, col="blue")
```
Jitter

Muuda algandmeid vaevumärgatavalt. Praegu selleks, et 
samade koordinaatidega õunad ei satuks üksteise peale
```{r}
  plot(jitter(ounad$august), jitter(ounad$september), 
         col=rgb(0, 0, 0, 0.3), pch=19, cex=3)
```
Karp ja vurrud
```{r}
  boxplot(ounad$august)
```

```{r}
  #install.packages("reshape")
  library(reshape)
  pikk=melt(ounad)
  head(pikk)
  tail(pikk)
  colnames(pikk)=c("kuu", "diameeter")
  head(pikk)
  boxplot(pikk$diameeter~pikk$kuu)
  
  
  #Joonistage histogramm ning karp-ja-vurrud diagramm
  #juurdekasvude absoluutse ja suhtelise jaotuse kohta
  vahesentimeetrid=ounad$september-ounad$august 
  suhe=ounad$september/ounad$august 
  hist(vahesentimeetrid)
  boxplot(vahesentimeetrid)
  hist(suhe)
  boxplot(suhe)
```

```{r}
  head(ounad)
  quantile(ounad$august)
  plot(quantile(ounad$august))
  plot(quantile(ounad$august), xaxt="n")
  mtext(c("0%", "25%", "50%", "75%", "100%"),
         side=1, at=1:5)
  
  kvantiilid=quantile(ounad$august, seq(0, 1, 0.1))
  plot(kvantiilid, xaxt="n")
  mtext(names(kvantiilid), side=1, at=1:length(kvantiilid), cex=0.5)
  
  plot(ounad$august, ounad$september) #iga täpp on sama õun kahel kuul
  qqnorm(ounad$august)
  qqnorm(ounad$september)
  qqline(ounad$september)
  qqplot(ounad$august, ounad$september)
  
  
```
Kahe õunasordi võrdlemine

```{r}
  ounad=read.table("http://www.tlu.ee/~jaagup/andmed/muu/ounad/ounad1000.txt", header=TRUE, sep=",")
  mean(ounad$diameeter)
  quantile(ounad$diameeter)
  quantile(ounad$diameeter, seq(0, 1, 0.1))
  #Kuvage õunte diameetrite detsiilid joonisel
  #võimalusel lisage ka protsendisildid
    kvantiilid=quantile(ounad$diameeter, seq(0, 1, 0.1))
  plot(kvantiilid, xaxt="n")
  mtext(names(kvantiilid), side=1, at=1:length(kvantiilid), cex=0.5)
```


```{r}
 mean(ounad$diameeter)
 head(ounad[ounad$ounasort=="Liivi sibul", ])
 ounad[ounad$ounasort=="Liivi sibul", "diameeter"]
 mean(ounad$diameeter)
 mean(ounad[ounad$ounasort=="Liivi sibul", "diameeter"])
 mean(ounad[ounad$ounasort=="Kuldrenett", "diameeter"])
 tapply(ounad$diameeter, ounad$ounasort, mean)
 tapply(ounad$diameeter, ounad$ounasort, max)
 tapply(ounad$diameeter, ounad$ounasort, min)
 tapply(ounad$diameeter, ounad$ounasort, 
        function(diameetrid){max(diameetrid)-min(diameetrid)})
 
 barplot(tapply(ounad$diameeter, ounad$ounasort, mean))
 barplot(tapply(ounad$diameeter, ounad$ounasort, mean),
         main="Diameetrite võrdlus", 
         ylab="Keskmine diameeter (cm)")
 boxplot(ounad$diameeter~ounad$ounasort)
 
```


```{r}
  t.test(ounad$diameeter)
```
Nende õunte diameetrite põhjal võin väita, et 
95% tõenäosusega on selle aia õunte diameetrite keskmine
vahemikus 3,64 kuni 3,86 cm

Ehk siis: kui korjan korduvalt 1000 õuna ja mõõdan diameetrid, siis keskmiselt 95-l juhul sajast jääb nende
mõõdetud diameetrite keskmine nimetatud vahemikku

95 percent confidence interval:
 3.643672 3.869308

99 percent confidence interval:
 3.608118 3.904862

```{r}
  t.test(ounad$diameeter, conf.level = 0.99)
```
 Võrdlus eelmise aasta keskmisega  (4.0)
```{r}
  t.test(ounad$diameeter, mu=4.0)
```
t = -4.2356, df = 999, p-value = 2.49e-05
Pragune keskmine (3,75) on võrreldavast keskmisest (4.0)
 4,23 Studenti hälbe jagu väiksem 
 Tõenäosus, et praeguste õunte keskmine võiks juhuslikult
 siiski olla 4, on 2.49e-05 0,0000249

```{r}
  t.test(ounad$diameeter, mu=3.8)
```
Tõenäosus, et õunte keskmine diameeter võib olla 3,8 on 44,9%

```{r}
 t.test(ounad[ounad$ounasort=="Liivi sibul", "diameeter"],
        ounad[ounad$ounasort=="Kuldrenett", "diameeter"])
```

95 percent confidence interval:
 -1.2355042 -0.8614071
 
95% tõenäosusega on Liivi sibulate keskmine diameeter Kuldrenettide keskmisest diameetist selles aias väiksem
0,86 kuni 1,23 cm võrra


```{r}
 #hist(ounad$diameeter)
 nahtav=0.4
 keskmine=mean(ounad$diameeter)
 xpiirid=c((1-nahtav)*keskmine, (1+nahtav)*keskmine)
 plot(density(ounad$diameeter), xlim=xpiirid)
 abline(v=mean(ounad$diameeter), col="red", lty=2)
 tulemus=t.test(ounad$diameeter, conf.level=0.99)
 abline(v=tulemus$conf.int, col="blue")
```


```{r}
  ounad=read.table("http://www.tlu.ee/~jaagup/andmed/muu/ounad/antoonovka2.txt", sep=",", header=TRUE)
  head(ounad)
  plot(ounad$august, ounad$september)
  cor(ounad$august, ounad$september)
  cor.test(ounad$august, ounad$september)
  cor.test(ounad$august, ounad$september, conf.level=0.90)
  lm(ounad$september~ounad$august)
  abline(lm(ounad$september~ounad$august))
```

  lm(ounad$september~ounad$august)
Coefficients:
 (Intercept)  ounad$august  
        1.85          1.01  
        
  Õunte ennustatav diameeter septembris =
  
  1.85cm + 1.01 x diameeter augustis