TÜ arvutiprogramm lihtsustab DNA-testide kasutamist
Tartu ülikooli bioinformaatikud suutsid luua arvutiprogrammi, mis lihtsustab ja kiirendab oluliselt DNA-testi kasutamist geeniuuringutes. Tartu Ülikooli bioinformaatika professori Maido Remmi sõnul saavad programmist juba praegu otsest kasu tuhanded teadlased üle maailma.Metoodika  integreeriti koostöös Saksa, Singapuri ja USA teadlastega laialt levinud  programmi Primer3 koosseisu.Polümeraasi ahelreaktsioonil (PCR) põhinevaid DNA-teste kasutatakse  laialdaselt nii teadustöös kui kommertsrakendustes. PCRi  kasutatakse näiteks isaduse tuvastamisel, haigusttekitavate bakterite  liigi määramisel, allergeenide otsimisel toiduainetest ja väga  paljudes muudes DNA-testides. TÜ bioinformaatika töörühm on viimased 12  aastat arendanud arvutusmeetodeid, mis võimaldavad PCR-il põhinevaid  DNA-teste paremini läbi viia. Tänu töögrupis tehtud arendustööle saab  muuta DNA-teste tundlikumaks ja vähendada testide ebaõnnestumiste  sagedust.Viimaseks suureks edusammuks oli algoritmiliste uuenduste lisamine  laialt levinud programmi Primer3 koostöös rahvusvahelise teadlaste  rühmaga. Töö tulemused avaldati ühises artiklis, mis ilmus  molekulaarbioloogia tippajakirjas Nucleic Acids Research. Artikli üks kolmest juhtivast autorist on bioinformaatika töörühma  teadur Triinu Kõressaar. Selles töös osalesid teiste hulgas sama  programmi eelmise versiooni autor Steve Rozen Singapuri  rahvusülikoolist, Andreas Untergrasser Heidelbergi ülikoolist ning Jian  Ye USA'st NCBI'st. Aktiivse koostöö loogilise jätkuna otsustati Primer3 programmi ametlik  veebiteenus ära tuua MIT Whitehead instituudist ja paigutada Tartu  ülikooli. Tartu ülikoolis on olemas sobiv infrastruktuur ja aktiivse  arendustööga tegelevate teadlaste grupp, mistõttu on siin võimalik  Primer3 programmi kasutajatele pakkuda parimat võimalikku kasutajatuge. Programmi kasutamiseks mõeldud ametlik veebileht paikneb alates tänavuse aasta 1.  juulist Tartu ülikoolis. Teenuse paiknemine Tartu ülikooli  veebileheküljel muudab ülikoolis tehtava teaduse paremini nähtavaks  tuhandetele kasutajatele üle maailma. Sellest ajast on teenuse  leheküljel olnud juba üle 30 000 erineva külastaja üle kogu maailma.
