Inimeste mikrobioom võib kujutada uute ravimite varasalve
Inimestes ja inimeste peal elab hinnanguliselt 100 triljonit bakterirakku. Iga keharaku kohta võib leida keskmiselt bakterit. Neist valdav enamik on kehale mõningal määral kasulikud või vähemalt neutraalse mõjuga. Näiteks takistavad nad oma olemasoluga kahjulike bakterite massilist invasiooni. Inimestel ei jää aga puhkudel, kuid organism halbadest mikroobidest võitu ei saa, üle midagi muud, kui kasutada põletatud maa taktikat. Seeläbi jäävad inimesed ka pärast nakkusest võitu saamist mõneks ajaks haavatavaks. California ülikooli keemikust mikrobioloogi Michael Fischbachi huvitas, kuidas täpselt kehal elavad bakterid võõraste sissetungi takistavad. Nõnda lõi ta koos arvutiteaduses kodus olevate kolleegidega masinõppealgoritmi, millele tutvustati kõigepealt teada-tuntud bakterite geene, mis vastutavad ravimite toimeainetena käituvate molekulide tootmise eest. Seejärel lasid nad sellele otsida sarnaseid geene Inimese Mikrobioomi Projekti käigus kogutud bakterite geenijärjestuste hulgast. Analüüsi käigus jäi sõelale rohkem kui 3000 algoritmi hinnangul tunnustega sobivat geeniparve. Osad nende poolt kodeeritavad molekulid sarnanevad ühenditele, millega juba praegu kliinilisi katseid tehakse. Näiteks tiopeptiididele, mida nähakse ühe võimaliku järgmise põlvkonna antibiootikumina. Fischbach otsustas seejärel ühte bakteritest, Lactobacillus gasseri't, lähemalt uurida. Tavaliselt võib bakterit kohata tupes. Töörühm puhastas selle poolt toodetava biopeptiidi ja leidis, et see suudab edukalt tõrjuda kõikjal looduses kohatavat bakterit Staphylococcus aureus. Sama bakter tekitab nõrgenenud immuunsüsteemi korral nahanakkusi ja lihashaigusi. Selle resistentsed vormid tekitavad haiglates üha enam probleeme. Kuigi mikrobioloog ei tõestanud töös, et L. gasser sünteesib sama antibiootikumina toimivat ühendit ka inimeste organismis, teeb see seda vähemalt katseklaasil. Tulemused vihjavad lisaks, et sama tiopeptiidi on võimelised sünteesima ka ninas ja suus elavad bakterid. Uurimus ilmus ajakirjas Cell.
