TÜ teadlaste programm teeb DNA-testi kasutamise geeniuuringutes lihtsamaks
Polümeraasi ahelreaktsioonil põhinevaid DNA-teste kasutatakse laialdaselt nii teadustöös kui ka kommertsiaalsetes rakendustes. Nii tuvastatakse selle meetodiga nii isadust, haigusttekitavate bakterite liiki, aga ka allergeenide esinemist toiduainetes, vahendasid ERRi raadiouudised.Aastakümneid on teadlasi vaevanud aga üks probleem. DNA-testid on olnud näiteks geeniuuringute tarvis liiga vähetundlikud ja liiga suure ebaõnnestumisriskiga.Tartu ülikooli bioinformaatika töörühm püüdis viimased 12 aastat probleemi lahendada. Tartu ülikooli bioinformaatika professor Maido Remmi sõnul on nüüd tehtud edusamme."Antud juhul on tegemist arvutiprogrammiga, mis võimaldab molekulaarbioloogidel teha paremaid teste, mille arendamine toimub suuresti erinevates laborites üle maailma. Iga teadlane, kes tahab mingit konkreetset kohta DNA-st uurida, peab selle kõige pealt võimendama ja nähtavaks muuta ning just need DNA-testid on selle juures abiks. Nad võimaldavad kindlaid kohti DNA-s võimendada/paljundada, mistõttu saab neid paremini uurida," rääkis ta.Tartu ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudi direktori Toivo Maimetsa selgutusel tuleks ilma arvutiprogrammi abita teadlasel mõne genoomi uurimiseks kulutada rohkem aega ja loota paljuski õnnele."Selle testi eripära, millele on sihitud nüüd ka meie instituudi teadlaste panus, on selles, et selleks, et alustada mingisuguse DNA-lõigu ülesvõimendamist, selleks tuleb alustada kindlatest nukleotiidi järjestustest, mida nimetatakse praimeriteks, mille abil sünteesimine käib. Küsimus on selles, et need praimerid peavad olema komplementaarsed ehk vastas järjestusega sellele DNA ahelale, aga millised on paremad ja millised on halvemad ning milliseid lõike DNA-st välja valida selleks, et seda DNA ahelat üles võimendada, sõltub väga paljudest erinevatest asjadest," rääkis Maimets."Üks võimalus on teha hästi palju praimereid, proovida üht-teist-neljandat ja lõpuks hea praimerini lõpetada. See on kallis, ajamahukas. Teine võimalus on bioinformaatikutelt abi saada nii, et nad rehkendavad välja, mis võiksid olla kõige paremad praimerid, mida kasutada. Aga lõpuks tuleb see teooria ka praktikas järele kontrollida," lisas ta.Suur uudis eesti bioinformaatikutelt on ka see, et DNA testimises laialt teadusmaailmas kasutatava programmi Primer3 ametlik veebiteenus ühes serveritega asub juba paar kuud Tartus.
